Shotwell podporuje soubory s fotografiemi ve formátech JPEG, PNG, TIFF, BMP a RAW. Zatím nepodporuje další formáty, jako je třeba GIF.
Podpora RAW je v aplikaci Shotwell prozatím omezená. Když si zobrazíte surovou fotografii RAW, zobrazí se vám ve skutečnosti JPEG odvozený z RAW, ne přímo RAW. Navíc, propojovací roura k editoru není plně 16bitová – upravované fotografie můžete exportovat jen jako 8bitové soubory. K exportu mohou být použity všechny podporované formáty (JPEG, PNG, TIFF, BMP).
Více informací o formátu fotografií RAW v aplikaci Shotwell najdete v oddíle RAW.
Shotwell podporuje také videosoubory v libovolném formátu, který podporuje multimediální knihovna GStreamer na systému, ve kterém Shotwell běží. Typicky to představuje mimo jiné následující formáty:
Formáty kontejnerů: Ogg, QuickTime, MP4, AVI.
Kodeky: Theora, Quicktime, MPEG-4, Motion JPEG. Upozorňujeme, že některé operační systémy nemusí obsahovat všechny uvedené kodeky z důvodů právních nebo licenčních omezení.
Shotwell podporuje jak fotografie, tak videa, ale pro zjednodušení s v tomto dokumentu na většině míst používá jen výraz „fotografie“. Ale většina operací se v aplikaci Shotwell dá použít jak u fotografií, tak u videí. Například události, označování, hodnocení, štítky a zveřejňování fungují u fotografií i videí.