Normálně Shotwell uchovává svoji databázi a náhledy fotografií ve složce ~/.shotwell. V této složce se nenachází přímo fotografie, ale databáze v této složce obsahuje seznam všech fotografií v knihovně Shotwell.

Jak pokročilá funkce je k dispozici možnost mít více knihoven Shotwell, každou s vlastní sadou fotografií. Každá knihovna potřebuje svoji vlastní složku pro databázi. Abyste spustili Shotwell s alternativní knihovnou, zadejte alternativní složku s databází na příkazovém řádku tímto způsobem: