O Shotwell permite que você marque fotos. Quando uma foto é marcada, um pequeno ícone de bandeira aparece no canto superior direito dela. Você pode selecionar o item Marcada na barra lateral para ver todas as fotos que foram marcadas.

Marcar uma foto a sinaliza como "especial". Você pode interpretar isso como quiser. Por exemplo, você pode marcar todas as fotos que precisam de ajuste visual ou todas as fotos que você deseja mandar para um amigo.

Marcar também é útil para sinalizar todas as fotos conjunto a ser trabalhado. Por exemplo, você pode selecionar o modo de exibição de fotos Marcadas e, em seguida, enviar elas para um serviço de publicação.