O Shotwell normalmente armazena seus bancos de dados no diretório ~/.shotwell. Este diretório não contém as fotos, mas o banco de dados neste diretório contém a lista de todas as fotos na biblioteca do Shotwell.

É possível ter várias bibliotecas do Shotwell, cada uma com seu próprio conjunto de fotos. Cada biblioteca tem seu próprio diretório de banco de dados. Para iniciar o Shotwell com uma biblioteca alternativa, basta especificar um diretório de banco de dados em sua linha de comando da seguinte forma: